Mycobacteriophage Database

Local Phage BLAST

This tool will run a local BLAST search against our phage database. This will include some genomes that are not yet in GenBank and thus not accessible via NCBI BLAST.

Choose program to use and database to search:

Program Database

Enter sequence below in FASTA format
>Kugel Final Sequence, 52379 bp, 10 bp 3' Overhang (CGGATGGTAA), Cluster A1 TGCGTCTGCCAGATCGTGTACGGGTTTGGAAGTCGACGGAGGGAACAGCG CGGGCCTAGAAGGCCCCGTAATGCCCCCTGAGAGCCTCGTAGACGGACGA ACGGTGCGGATCGATAGATGGCACCGGAGACAAGCGAAGACGGCCGCAGA GCCGTCGCCGGCTGACGCCCGCGTAGGAAGATATTCGTGTGAAGTGCGTC ACATTCTACGGGTGAAACGCGAAAGTGGAAGGTTCCTTACCTATGGAGGG GTAAGGGAGCGAGCTCCAGCGAGCGACCGCACCCCGACATAGGTTCTTGT CGGGGTAGTCGAACGGAGAGAGACTACCCCCTTTTAGCGACCTCCGGTCG CCCAGGTAGGTACCGAACGATGAGTGAGGTACCAGACCGAGGGCGGCCCT TATGGGGGCCGCTCCGAGGTCAGTGGTTGGTTTGGGTAGGTACGTTACGT AAGCATCACTCACCAACAGAACCAGTGGTTACGTAACCAGGTACGTTACG TACGACTAGATACGTAACAGAACCACTAACCCGTGGCCGCCCCGAAGGCG GCCCGCAGCGGGTTACGTTTGTCAGGTATGTCACTAGGGAGGGCGATGGG CTGGGAGTCATCTGACCGTCGTGGGCGGCTGCCGGCCGACTGGCCTCGCA TCCGACGCGAGGTTCTGCGGGCGGCTGGTCACCGCTGCCAGATCCGCTAC GCGGACATCTGCACAGGGATGGCTACCGAGGTTGACCACGTCCGCTACCG CGACGAGGAGTCACCTACCCGCGCGTCGTGCAAGCCGTGTCATGCGCGGA AGTCCGCGATGGAAGGCGTCGCTCAGCGCGCGAAGCTGCGCGCGATGAAG AAGCGGCCACCGCCACGTCACCCAGGACGCCGCACACCCCGGGAGGATCA 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ACAACCGCGCGCTCGCCCAGGGCGATGCGCTGCTGCAACTACTTCACGAA GAGGACGACTTCTTGTCTGCTCTAACCGACGCTGAACAGCGTGAGTTGCT GGACCTGGCTCGCCAGCAGGCCAAGTACAAGCGCAAGTCCCGCTCGCCGC TGCACTGGCCGCACGAGGGCGAGGTCGACACGATCGCCGGCCTGTCCTGG TCGACGGACGCGAACGTCCATATCCAGCTGGTCGAGAAGCTCGCTGTGAT CTACGGCGACCCGGTCTCGATCGCGCTGCTGTACGCGGTGTCGAACTCCG ACGATCCGACGAACAACCCCGAGCTGGCGAAGCGCATCTTGAAGCGCGTC AAGCCCGAGGACATCACCGCTGCTCAGGTCCAGATCCAGAAGTGGCTGGC TGCCGAGCAGAAGTTCCATGCCGCTTAAGCTCGGCGACCGGAACCCTACG GTGCGCCGCTGGCGCGAGGTGATGGCGGCTCGGTTCGCCGGGTATGCGCG AGTCCACGGACCGCTGCCCACGGACACCGACGAGTTCGGCCCGCGGGCTG AGGCGTGGCAGACCGAGTACGAGTCCCGGACGTTCCAGCCGCTCGACGGG ATCGTCTCTGACGACGATCTGCGCGCTCTGGGGATTCCGGCTCCCGAGGA TACCCGTCCGGTACTGCTCACCGTCTCCGGGACGGGAGTCCCCTGGTGGG TAGGCCCGGACGCTGACGTCGCGAGACGTCTCGGGGATGTGTACCTGTGG CGTCCGGTAGGCCCGCCGTACACCGCGCAGGCGTTCCCGATGGGGCCGTC CGTGGCGAACGGGGTCACCGAGGCCACCCGCATCCTGGAGGAAGAGCGCC AGCGCATCGAGCGCTACGGGCTGTCGATGATCGGCTACTCGCAAGGCGCG ATCGTCACCTCCGAGCTGTGGGAGTACCACATCAAGCCGGTGACCGGACG ATTGCACTGGGCCAAAGACCACGTGCGCGGGGCCGTGACGTTCGGCAGCC CGATGCGCGAGACCGGCAAGGTGTGGCCCGACCCGGGCGGTCAGATGCCC TCGGCGAAGTCGCACGGTATCGCTGACCAGCTGATGGTCAACACCCCGGA CTGGTGGAGGAACTACGCCCACAAAGGCGACCTGTACACCGACTGCGAGG GCGACTCGGGCGAGATGAAGACCGCGATCTACAAGGTCGTGATGATGTCC CGGGTGTTCTCTGGTCCGGATTCGATCCTGCGCCAGCTTCTGGAGATCGG GGTTAACCCGACGTTCGAGCTGATCGCGCTGATCCGCGCGGTGCTGGACG CTGGTCTGTTCTTCATCCGCGGCACAGGCCCGCACGTGAACTACAACATC GACCCTGCGGCGGACTTTCTGCGCTCTGTGACTTGATACGTAACGAGGAG GTGGAGTGGCGGTTCACTACCCGGAGTCGCTACTCCCCGCCCCGTCGCAT ATCCAGGGGCCGACCTGGCGGCAGTACGAAGACGGCTCATGGTTCCTGCC CGAGAAGACTCTCGGCTGGCAGATCATCAGCTGGCTGTTCGAGTACGTCA ACTCCCCCGCTGGCGACGGCCCGTTCGTCCCGACGCTGGAGCAGGCGCGA TTCATCGCCTGGTGGTACGCGGTCGACGACCAAGGGAAGTACGTCTACCG CGAGGGCACGCTCCGCCGGATGAAGGGCTGGGGTAAAGACCCTCTGGTCG CTGCGCTGTCTCTGGCAGAGATGTGCGGGCCGGTCGCGTTCTCGCATTTC GACGAGAACGGCGGCCCCGTCGGAAAGCCGCGCCACGCGGCGTGGGTCAC GGTCGCGGCGGTCTCGCAGGATCAGACGAAGAACACGTTCTCGCTGTTCC CGATCATGATCTCGAAGAGGCTCCGCTCCGAGTACGGGCTGGAGCCCAAC 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CGCGGGAAGAGGGGGTAGCGCATGGCTGGCAAGCTCCCGATCGTCGGTGA GGTTCTCCTCCCGATTCTCCGCGGCCACGAGGACCTGTCCAAGCCGATCA GCACTGTCCCGTCTCTGGCGGGTGTGCATGTCGGGACGTGGGTCGAGGAC ATCGACTCCCGCACGTTCCCGCTGATCACCGTCCGTCGCGTAGGCGGTAC CCGCAGCCCGGAGCACCCGACGCTGTTCACGCAGCCGGTGGTCGAGATGA CCGCTTACTCGGCGGCTGACCTGCCCACTACCGAGCAGATGTACGAGGAC GCCCTAGAGGTCTTGTACCGCGCTGCACGTCTCCAAACCAAAACGCCAGC CGGCTATCTGCACTCGCTGACCGAGACCTTGGGTGCGTCCCACGGCCCGT CACCGTTTGACCGCACCTGGCGCGTCTTCGGCCTGATCCGACTCGGCATC CGGCCCCCTAAGAACTAAGGAACCAAATGGCACTGAAAGATGATGCCGTC CTCATTGCCGCGCGGGGGTACGTGTACACCGCTGCGGTCGGCACGGCGGC ACCTACCCCTGCTCAGCTCAAGCTGATCGACCTGGAGCACCCCGAGGCGT GGGACCGCACCGGCTGGGATCTCGTCGGACACACCTCCGAGGATGATCTG CCCGAGTTCGGCTTCGACGGCGGCGACTCCGAGGTCCGCGGCTCGTGGCA GAAGAAGAAGCTGCGCGAGGTCGAGACGGAAGAGATCGCGGACTACGTGG TCATCAACCTGACCCAGTTCGACGAGACCGCTCTGGAGCTGTACTTCGGC CCGAACCAGTCGGCTACCCCCGGCATCTTCGGCGTGAAATCCGGCTCGGT CGTGAACGAGCGTGCGCTGCTGATCGTGATCGTCGACAACGACGTTCGAC TCGGCTTCCACGCCCGTAAGGCTTCGCTGAAGCGCGAGGACGCGATCTCG CTGGCGACCGACGAGTTCGGCGCTCTGCCGGTGCGCGCGACCTTCCTCGA CTACCAGTCGTACAACCTGTACGAGTGGATCGAAGAGGACTGGTTCAACG CCGCTGACGCGCCGGTCGTGTACCTGCTCGATCTGGGCGGCGCTACCGGC GGTGACTACACCCTGTTGGTCGGCGGCAAGTCCACCGACGACATCGCCTA CAACGCCAACGCTTCCGCGATCAAGACCGCGATCGGTGCTGTCGATGACG GTGTCGCCGAGTCTGCGTGGACGGTCACGGCCGACGGCTCGGACTTCGAG ATCACGGGTCCGCTGGCTGTTGCGCTGGGCGTTGACAGCACCACGGGCGG CTCCGGCGTAACCGTCGACGTCGCCTGATTCGAACTTGACACGTAACGCG CTTAGCACCTAACTGCTGCGCTTACCACGCCCCCGGCTTAGCCGCCGGGG TTGCGCGCTCGTGTCAAACGGGGAGCCGCCTGCACACCTTGGCGGGCCTT GGGCGGCTCCCCACCTCCCGCTTTACCTAGCCCGCCGCCAATCGAAAGGC CTGCCACCTATGAGCACGATTCTCAACCTGGACAACATCCGAGAGGAAGC CGACCGCGAGTTCGGAGCCCCGGTACCGATCCAGATCGACAAAGACACCG TCGTCCACCTCCGCAACGCGACGCGCCTCCGCAAGGACGTGCGCAAAGAC GTGCTGAAGCAGCTGGACATCATCAAAGCGGTCAACGACAAGTCTTCCGA TGACACCACCGAGGCAGACGTCGACAAGCTGACTAACGCTGTGTTCAAGA TCCTCAGCCTGGCCGCGGGCCGGGACTCCAAGACGCTACTCGACGCTATC GACGAGGACGTCGCGGTCGCCACGAAGATCCTCAACCACTGGCTGGAGGA GACGCAAGTGGGGGAAGCCTCCAGCTCGGAGGACTGATCGACGACTACGG 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GAGGGGCGGCTAGGCAGGGTGCGGGGTACGCCGGCCGGGGTGCGCAGACT CGCAGCGCACAGGGGGTTGCGCTGCCGGGCGGGTGTGTGGTAGACTGGGT GTACTCCGGCAGACGGGGTCACAGGGGACACGCATCGCGCGGACCCCTAG GGGGGCACCCCTACCCCCCGCGTGTTGACCGGATGGTAA
Or load it from disk

Set subsequence: From To

The query sequence is filtered for low complexity regions by default.
Filter Low complexity Mask for lookup table only

Expect Matrix Perform ungapped alignment

Query Genetic Codes (blastx only)

Database Genetic Codes (tblast[nx] only)

Frame shift penalty for blastx

Other advanced options:

Graphical Overview Alignment view
Descriptions Alignments Color schema

NCBI Web BLAST:< NCBI BLAST >